종합부동산세는 보통 11월 고지서를 받을 때 확인하게 됩니다. 하지만 임대주택을 보유하고 있거나 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택 등에 해당한다면 그보다 먼저 챙겨야 할 일정이 있습니다.
바로 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 신고·신청입니다.
2026년 신고·신청 기간은 9월 16일부터 9월 30일까지입니다. 국세청은 올해 적용이 예상되는 납세자 약 4만8천 명에게 안내문을 발송했고, 신청 내용을 11월 종부세 정기고지에 반영합니다.
그런데 합산배제와 과세특례를 같은 제도로 생각하면 안 됩니다.
어떤 것은 종부세 과세표준 합산 대상에서 빠지고, 어떤 것은 주택을 그대로 과세하면서 1세대 1주택자 방식으로 계산하며, 또 어떤 것은 세율을 정할 때 주택 수에서만 제외합니다.
내가 어떤 유형에 해당하는지부터 구분해야 하는 이유입니다.
먼저, 합산배제와 과세특례는 무엇이 다를까?
합산배제
일정한 요건을 충족하는 임대주택, 사원용주택 등과 주택신축용 토지를 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외하는 제도입니다.
합산배제를 신고한 물건은 11월 종부세 정기고지 때 과세대상에서 제외됩니다.
1세대 1주택자 과세특례
일시적 2주택, 일정한 상속주택이나 지방 저가주택 등을 함께 보유한 경우 일정 요건을 충족하면 1세대 1주택자로 보아 종부세를 계산하는 제도입니다.
중요한 점은 특례주택 자체가 과세대상에서 없어지는 것은 아니라는 것입니다.
특례주택도 과세표준에 합산하지만, 납세자는 1세대 1주택자로 보아 12억원 기본공제와 연령·보유기간에 따른 세액공제를 적용받을 수 있습니다. 다만 특례주택에 해당하는 과세표준 부분에는 세액공제가 적용되지 않습니다.
세율 적용 시 주택 수 산정 제외 특례
소형 신축주택, 준공 후 미분양주택, 인구감소지역·인구감소관심지역 주택 등은 일정 요건을 충족하면 종부세 세율을 적용할 때 주택 수에서 제외할 수 있습니다.
이 역시 해당 주택을 종부세 과세대상에서 빼주는 제도는 아닙니다.
특례 적용 후 남은 주택 수에 따라 3주택 이상 중과세율 적용 여부가 달라질 수 있는 구조입니다.
2026년 신청기간은 9월 30일까지
2026년 종부세 합산배제 및 과세특례 신고·신청 기간은
9월 16일~9월 30일
입니다.
합산배제 대상 임대주택이나 사원용주택 등을 가지고 있거나, 일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택·소형 신축주택 등 과세특례 대상에 해당한다면 이 기간을 확인해야 합니다.
신고·신청은 홈택스 또는 서면으로 할 수 있습니다.
임대주택이라면 ‘합산배제’부터 확인
임대주택이라고 해서 무조건 종부세에서 제외되는 것은 아닙니다.
국세청은 과세기준일인 6월 1일 현재 실제 임대 중이면서 지자체 임대등록과 세무서 사업자등록 등 필요한 요건을 충족한 주택을 대상으로 유형별 합산배제 요건을 두고 있습니다.
임대주택 종류에 따라 공시가격, 면적, 의무임대기간 등의 조건이 다르며, 임대료 증가율 역시 5% 이하 등의 요건이 적용됩니다.
2026년에는 관련 규정도 일부 바뀌었습니다. 합산배제 임대주택의 세무서 사업자등록과 관련해 종전의 주택임대업 업종 요건이 삭제돼 사업자등록 요건이 완화됐습니다.
임대주택은 유형별 조건이 많기 때문에 홈택스의 임대주택 합산배제 진단을 이용해 확인하는 편이 안전합니다.
예전에 합산배제를 신청했다면 매년 다시 해야 할까?
기존에 합산배제 신고를 했고 신고한 내용에 변동이 없다면 매년 새로 신고할 필요는 없습니다.
국세청은 최초 합산배제 신고 다음 연도부터 소유권, 전용면적, 임대등록 말소 등 신고내용에 변동이 없다면 별도 신고 없이 계속 적용한다고 안내하고 있습니다.
반대로 기존에 적용받던 주택의 요건이 달라졌다면 확인이 필요합니다.
예를 들어 의무임대기간을 충족하지 못하거나 임대료 증액 제한을 지키지 않는 등 합산배제 요건을 충족하지 못하면 감면받은 종부세와 이자상당가산액이 추징될 수 있습니다.
집을 갈아타면서 2주택이 됐다면?
기존 집을 팔기 전에 새 집을 먼저 구입하면서 일시적으로 2주택이 된 경우라면 1세대 1주택 특례를 확인할 수 있습니다.
2026년 기준으로 1세대 1주택자가 종전주택을 양도하기 전에 신규주택을 취득하고, 과세기준일 현재 신규주택 취득일부터 3년이 지나지 않은 경우가 해당합니다.
특례를 적용받더라도 새 주택이 종부세 계산에서 사라지는 것은 아닙니다.
특례주택을 포함해 과세표준을 계산하면서 납세자를 1세대 1주택자로 보아 기본공제와 세액공제를 적용하는 구조입니다.
또 하나 반드시 확인할 것이 있습니다.
특례를 신청했지만 신규주택 취득일부터 3년 이내에 종전주택을 양도하지 못하면, 경감받은 세액과 이자상당가산액이 부과될 수 있습니다.
상속받은 집이 하나 더 있다면?
상속주택 역시 일정 요건을 충족하면 1세대 1주택자 판단 시 주택 수에서 제외할 수 있습니다.
2026년 과세기준일인 6월 1일 현재 상속주택이 다음 중 하나에 해당하는지 확인하면 됩니다.
- 상속개시일부터 5년이 지나지 않은 주택
- 상속지분이 전체 주택 지분의 40% 이하인 주택
- 상속지분에 해당하는 공시가격이 수도권 6억원 이하, 수도권 밖 3억원 이하인 주택
이 세 조건을 모두 충족해야 하는 것이 아니라 셋 중 하나에 해당하는 구조입니다.
따라서 상속받은 집이 있다는 사실만으로 판단하기보다는 상속 시점과 지분율, 지분에 해당하는 공시가격을 확인해야 합니다.
지방에 집 한 채가 더 있다면 ‘지방 저가주택’
1주택자가 지방에 일정한 저가주택 한 채를 추가로 가지고 있는 경우에도 1세대 1주택 특례를 확인할 수 있습니다.
2026년 국세청 안내 기준으로 지방 저가주택은 공시가격 4억원 이하인 주택 1채를 대상으로 하며, 소재지역 조건도 충족해야 합니다.
대상지역은 다음과 같이 안내돼 있습니다.
- 수도권: 경기 가평군·연천군, 인천 강화군·옹진군
- 수도권 밖 광역시·특별자치시: 군 또는 읍·면 지역
- 수도권 밖 도(道) 및 제주도: 모든 지역
즉 단순히 서울 밖에 있는 4억원 이하 주택이라고 해서 모두 지방 저가주택 특례 대상이 되는 것은 아닙니다.
부부 공동명의 1주택자는 2026년 달라진 점 확인
2026년에는 부부 공동명의 1주택 특례에서 중요한 변화가 생겼습니다.
기존에는 지분율이 높은 배우자를 우선 납세의무자로 정했지만, 2026년부터는 지분율과 관계없이 부부가 합의해 납세의무자를 선택할 수 있습니다.
따라서 지분율이 낮은 배우자도 납세의무자로 선택할 수 있습니다.
다만 부부 공동명의라고 해서 특례 신청이 항상 유리한 것은 아닙니다.
공동명의 상태로 각각 기본공제를 받는 방식과 1세대 1주택 특례를 적용하는 방식의 세액이 달라질 수 있기 때문에 홈택스 종부세 모의계산 등을 이용해 실제 세액을 비교한 뒤 결정하는 것이 좋습니다.
또 공동명의 특례는 부부 공동명의에 한정됩니다. 같은 세대의 자녀와 공동으로 1주택을 보유한 경우에는 이 특례를 적용받을 수 없습니다.
소형 신축주택은 종부세에서 빠지는 게 아니다
소형 신축주택은 합산배제와 혼동하기 쉽습니다.
일정한 소형 신축주택은 종부세 과세대상 자체에서 제외되는 것이 아니라 세율 적용 시 주택 수에서 제외하는 특례를 받을 수 있습니다.
2026년 국세청 안내에 따른 주요 요건은 다음과 같습니다.
- 전용면적 60㎡ 이하
- 취득가액 수도권 6억원 이하
- 수도권 밖 3억원 이하
- 2024년 1월 10일부터 2027년 12월 31일까지 취득
- 2024년 1월 10일 이후 준공
- 아파트 제외, 다만 도시형생활주택 포함
그 밖에도 최초 분양계약 등 충족해야 할 요건이 있습니다.
따라서 면적과 가격만 맞는다고 바로 특례 대상이라고 판단해서는 안 됩니다.
지방 준공 후 미분양주택은 ‘4억원 이하’
이 부분은 숫자를 정확히 확인해야 합니다.
2026년 국세청 안내에 따른 준공 후 미분양주택 세율 적용 주택 수 제외 특례의 주요 요건은
- 전용면적 85㎡ 이하
- 수도권 밖 소재
- 취득가액 4억원 이하
- 2024년 1월 10일부터 2026년 12월 31일까지 취득
- 분양계약을 체결하기 전에 다른 사람이 해당 주택에 입주하지 않았을 것
- 수도권 밖에서 선착순으로 공급된 미분양주택일 것
등입니다.
즉 6억원이나 7억원 기준이 아니라 2026년 국세청 공식 안내 기준 4억원 이하입니다.
이 특례 역시 해당 주택 자체를 종부세 과세대상에서 제외하는 것이 아니라 세율 적용 시 주택 수 계산에서 제외하는 제도입니다.
2026년 새로 확인해야 할 인구감소지역 주택
2026년에는 인구감소지역과 비수도권 인구감소관심지역 주택에 대한 종부세 주택 수 특례가 추가됐습니다.
대상은 2026년 1월 1일 이후 취득한 주택입니다.
인구감소지역 주택
가액 기준은
- 수도권: 4억원 이하
- 수도권 밖: 9억원 이하
입니다.
다만 접경지역이 아닌 수도권이나 광역시의 군 이외 지역 등은 대상에서 제외되는 지역조건이 있습니다.
인구감소관심지역 주택
- 수도권은 적용되지 않음
- 수도권 밖 4억원 이하
가 기본적인 가액 기준입니다.
두 유형 모두 해당 주택을 취득하기 전에 보유하던 주택과 동일한 시·군·구에 소재하지 않아야 하는 요건도 있습니다.
또 가액 기준은 단순히 현재 공시가격만 보는 것이 아니라 취득일과 과세기준일 현재 모두 가액요건을 충족해야 합니다.
따라서 인구감소지역에 있는 집이라고 해서 모두 자동으로 주택 수에서 제외되는 것은 아닙니다.
특례를 잘못 신청하면 어떻게 될까?
종부세 합산배제나 과세특례는 신청만 하면 끝나는 제도가 아닙니다.
적용받은 뒤 요건을 충족하지 못한 사실이 확인되면 경감받은 종부세와 이자상당가산액이 부과될 수 있습니다.
국세청이 실제 주의 사례로 안내한 경우에는
- 임대주택 등록요건을 충족하지 못한 경우
- 의무임대기간 전에 주택을 양도하거나 등록이 말소된 경우
- 임대료를 5% 초과해 올린 경우
- 멸실예정주택을 취득일부터 3년 이내 멸실하지 못한 경우
- 일시적 2주택 특례 후 3년 이내 종전주택을 양도하지 못한 경우
등이 있습니다.
따라서 “대충 조건이 비슷하니 신청해두자”는 방식보다는 본인의 취득일, 공시가격, 소재지, 지분율 등을 먼저 확인하는 것이 중요합니다.
홈택스에서는 어디서 확인할까?
국세청은 홈택스에서 합산배제 자가진단, 종부세 모의계산과 각종 신청 화면을 이용할 수 있도록 안내하고 있습니다.
홈택스 로그인 후 화면 아래의
세무 업무 가이드맵(Map) → 종합부동산세
로 들어가면 관련 메뉴를 찾을 수 있습니다.
임대주택이라면 종합부동산세 고지·모의계산 → 임대주택 합산배제 진단을 이용할 수 있습니다.
그래서 나는 9월 30일까지 무엇을 확인해야 할까?
복잡한 규정을 전부 외울 필요는 없습니다.
임대주택이 있다면
→ 합산배제 대상인지 확인
갈아타기 과정에서 2주택이 됐다면
→ 신규주택 취득일 확인
상속주택이 있다면
→ 상속일·지분율·지분 상당 공시가격 확인
지방에 추가 주택 한 채가 있다면
→ 공시가격과 소재지역 확인
부부 공동명의 1주택이라면
→ 특례 적용 전후 실제 세액 비교
소형 신축주택이나 지방 준공 후 미분양주택을 취득했다면
→ 면적·취득가액·취득시기 등 확인
2026년에 인구감소지역 주택을 새로 취득했다면
→ 소재지역·가액·기존 주택과 동일 시·군·구인지 확인
이렇게 본인의 상황부터 구분하면 됩니다.
2026 종부세 합산배제·과세특례 핵심 정리
2026년 합산배제와 과세특례 신고·신청 기간은 9월 16일부터 9월 30일까지입니다.
가장 중요한 것은 세 제도를 구분하는 것입니다.
| 구분 | 실제 효과 |
|---|---|
| 합산배제 | 일정 요건의 주택·토지를 종부세 과세표준 합산 대상에서 제외 |
| 1세대 1주택 특례 | 일정한 추가 주택을 보유해도 1세대 1주택자로 보아 계산 |
| 세율 적용 주택 수 특례 | 일정한 주택을 세율 적용 시 주택 수에서 제외 |
특히 일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택은 특례를 신청한다고 그 주택에 종부세가 과세되지 않는 것이 아닙니다.
반면 합산배제는 일정 요건을 충족하는 물건을 과세표준 합산 대상에서 제외합니다. 이 차이를 알고 신청해야 합니다.
기존에 합산배제 등을 신고했고 내용에 변동이 없다면 다시 신고하지 않아도 되는 경우가 있습니다. 반대로 올해 처음 대상이 됐거나 기존 신고내용이 달라졌다면 9월 30일 전에 확인하는 것이 중요합니다.
종부세는 주택의 취득 시기와 소재지, 공시가격, 지분율 등에 따라 적용 결과가 달라질 수 있으므로 최종 신청 전에는 홈택스의 본인 과세자료와 해당 특례 요건을 함께 확인하는 것이 안전합니다.